El equipo de investigadores integrado por el Investigador Adjunto Incar e Investigador Asociado Centro de Biotecnología UdeC, Dr. Diego Valenzuela-Miranda; la docente Microbiología e investigadora UdeC, Dra. María Fernanda Morales-Rivera; Jorge Mancilla-Schutz; el Doctor (c) en Microbiología UdeC, Alberto Sandoval Concha; la Investigadora Adjunta Incar, Dra. Valentina Valenzuela-Muñoz; y el investigador adjunto Incar y académico UdeC, Dr. Cristian Gallardo-Escárate, utilizaron Oxford Nanopore, una herramienta de última generación, para analizar la comunidad microbiana en un sistema de acuicultura con recirculación (RAS), utilizado para el cultivo de salmón del Atlántico en agua dulce.
RAS es un tipo de sistema que permite reutilizar el agua, lo que lo hace más sustentable, pero también requiere un control riguroso de las condiciones sanitarias. Tradicionalmente, se han usado métodos como la PCR para detectar bacterias específicas, aunque estos pueden pasar por alto la diversidad real de microorganismos presentes.
Dr. Diego Valenzuela-Miranda.
«Una de las ventajas de Nanopore es que permite leer el gen 16S completo, identificando bacterias hasta nivel de especie, algo que no se logra con otras tecnologías de secuenciación. Además, es rápida y portátil: en menos de un día podemos tener un panorama completo de la comunidad microbiana, incluyendo patógenos que los métodos tradicionales podrían pasar por alto», explicó el Investigador Adjunto de la línea «Genómica Acuícola» de Incar, Dr. Diego Valenzuela-Miranda.
Tecnología de monitoreo que busca mejorar la salud de los peces
Los principales resultados de los investigadores, publicados en el paper ‘Nanopore-Based Metagenomic Approaches for Detection of Bacterial Pathogens in Recirculating Aquaculture Systems’, revelaron la existencia de bacterias relacionadas con procesos de desnitrificación y metabolismo del sulfuro de hidrógeno en el agua y se determinó que los peces enfermos mostraron menor diversidad microbiana y predominancia de bacterias del grupo Proteobacteria.
Además, se detectaron patógenos como Aeromonas, Vibrio y Aliivibrio, incluyendo Aliivibrio wodanis en peces con síntomas clínicos. En contraste, los salmones saludables presentaron rutas metabólicas asociadas a una mejor digestión y fermentación de nutrientes.
«Detectamos Aliivibrio wodanis en peces enfermos y también en el agua del sistema, lo que sugiere una posible transmisión ambiental. Esto demuestra que los biofiltros y tanques pueden actuar como reservorios de patógenos, por lo que es clave monitorear no solo los peces, sino también el entorno microbiológico del RAS», detalló el Dr. Valenzuela-Miranda.
Estos hallazgos sugieren que el uso de tecnologías como Nanopore puede ayudar a monitorear de forma más precisa la salud microbiana en sistemas de cultivo, permitiendo detectar problemas antes de que afecten la producción.
«Si incorporamos esta tecnología al monitoreo rutinario, podríamos anticipar brotes y actuar preventivamente, reduciendo el uso de antibióticos y mejorando la salud de los peces y del sistema», añadió el investigador.
